지난번에 용인 미생물 다양성 워크샵에서 들었던 pyrosequencing에 대해 쉽게 이해할만한 자료를 찾아서 올려봅니다. 메타지노믹스와 pyrosequencing은 더이상 떨어질 수 없는 관계가 아닌가 싶네요. 현재까진 500bp까지만 읽어내는 한계가 있다고는 하지만 얼마전까지 250bp가 한계치였는데 이 또한 곧 개선되지 않을까 하는 생각도 드네요.
미생물 분류 및 생태를 하시는 분들에게 아주 유용한 기술이 될 것이라고 생각됩니다. 더불어 쏟아지는 대량의 정보들을 처리하기 위해서는 bioinformatician의 역할도 더욱 커질 것입니다.
이번 워크샵에서 연사들이 강조했던 내용중 하나는 바로 생물학자이지만 리눅스 운영체제를 다룰수 있고 펄, 파이썬과 같은 스크립트 언어를 어느정도 사용할 수 있어야 한다는 점이었습니다. 이제 이러한 툴들이 실험자들에게도 기본적인 환경이 되어 가는 것이 아닐까요?
아직 부족한게 많은 저도 빨리 익숙해져야 겠다는 다짐을 하는 계기였습니다.^^
(당연한 이야기이겠지만) 미생물다양성(16S)에 대한 pyrosequencing의 이야기였기에 어류 및 해양생물들에 어떻게 적용가능한가에 대해서는 뭔가를 얻기 힘든 내용이었던거 같고 그래서 조만간 용인에서 발표했던 업체를 초청하여 여수에서 설명회를 한번 가질 예정이랍니다. (이미 컨택은 되었고 업체쪽에서도 아주 반기는 분위기더군요..)
1박2일 듣고 왔다고 설명을 부탁하시는 분들도 있었으나 떨어지는 머리로 어찌 다 설명을 하겠습니까..ㅋㅋ
pyrosequencing
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- 이제 bottle-neck은 우린가..;;
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몇년 전만해도 Bioinformatics 로 할 수 있는 것과양이 어느정도 눈에 들어왔었는데..근데 이제는 이거 모..실험 데이터가 안나와서 우리가 분석할 것이 없는게 아니라실험 데이터가 너무 나와서 Bio
gwLee's blog
2009/03/05 20:24
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이길원 @ 2009/03/03 19:49-

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500bp를 넘어서야 될텐데..
조만간 1-10k를 한번에 리딩하는
-지금 처럼 200-500bp 읽어서 x25 어셈블하는거 말고 real 1-10k 이라고 하더군요.
시퀀서 개발하고 있다는데.. ㅋ
-주 타겟은 식물체 연구하는 사람들입니다.
그 녀석 나오면 대박날듯.. 어서 나와라~
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